肉豆蔻丸出自《洁古家珍》，此书是金代医生张元素所撰写的综合性医书。肉豆蔻丸的组成为补骨脂、肉豆蔻各等分，将上述二味，共研为末，以枣肉为赋形剂，制成梧桐子大小的丸。每次服用2钱（6g），空腹用米汤送服，每日3次。

本方有温肾健脾、涩肠止泻的功效，主治肾泄不止，年久不愈，脉沉细无力者。此病又名五更泻、鸡鸣泻，是一种缠绵难治的慢性腹泻。其核心症状为腹痛肠鸣即泄，泄后痛减，大便溏泄夹杂未完全消化的食物，伴畏寒、四肢冰凉、腰膝酸软、腹部畏凉等症状。

此病与现代医学中的肠易激综合征、炎症性肠炎、溃疡性结肠炎、肠道功能紊乱等疾病的临床症状相似。中医用有温补和止泻作用的药物治疗，本方中的肉豆蔻和补骨脂均性温，有温补肾阳、健脾止泻的功效。

后世根据本方发展出四神丸、豆蔻四神丸等方剂，这些方剂是肉豆蔻丸的衍生方，现亦有一些中成药厂生产四神丸、豆蔻四神丸等。患者可在医师的指导下，根据自己的情况选用。